Dataciencia

Colección SciELO Chile

Integrating microbial and host transcriptomics to characterize asthma-associated microbial communities

Indexado

WoS	WOS:000359531400001
Scopus	SCOPUS_ID:84939191151

DOI

10.1186/S12920-015-0121-1

Año

2015

Tipo

artículo de investigación

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras

Abstract

Conclusions: For the first time, we show the power of combining RNA taxonomic profiling and host gene expression signatures for microbial identification. Our approach not only identifies microbes from metagenomic data, but also adds support to these inferences by determining if the host is mounting a response against specific infectious agents. In particular, we show that M. catarrhalis is abundant in asthma patients but not in controls, and that its presence is associated with a specific host gene expression signature.

Revista

Revista	ISSN
Bmc Medical Genomics	1755-8794

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Disciplinas de Investigación

WOS
Genetics & Heredity

Scopus
Sin Disciplinas

SciELO
Sin Disciplinas

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Publicaciones WoS (Ediciones: ISSHP, ISTP, AHCI, SSCI, SCI), Scopus, SciELO Chile.

Colaboración Institucional

Muestra la distribución de colaboración, tanto nacional como extranjera, generada en esta publicación.

Autores - Afiliación

Ord.	Autor	Género	Institución - País
1	Castro-Nallar, Eduardo	Hombre	GEORGE WASHINGTON UNIV - Estados Unidos Universidad Nacional Andrés Bello - Chile The George Washington University - Estados Unidos
2	Shen, Ying	-	BOSTON UNIV - Estados Unidos Boston University School of Medicine - Estados Unidos Boston University Chobanian & Avedisian School of Medicine - Estados Unidos
3	Freishtat, Robert J.	Hombre	Childrens Natl Med Ctr - Estados Unidos Childrens National Health System - Estados Unidos
4	Perez-Losada, M.	Hombre	GEORGE WASHINGTON UNIV - Estados Unidos Childrens Natl Med Ctr - Estados Unidos Univ Porto - Portugal The George Washington University - Estados Unidos Childrens National Health System - Estados Unidos Universidade do Porto, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos - Portugal CIBIO - Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos - Portugal
5	Manimaran, Solaiappan	-	BOSTON UNIV - Estados Unidos Boston University School of Medicine - Estados Unidos Boston University Chobanian & Avedisian School of Medicine - Estados Unidos
6	Liu, Gang	-	BOSTON UNIV - Estados Unidos Boston University School of Medicine - Estados Unidos Boston University Chobanian & Avedisian School of Medicine - Estados Unidos
7	Johnson, W. Evan	-	BOSTON UNIV - Estados Unidos Boston University School of Medicine - Estados Unidos Boston University Chobanian & Avedisian School of Medicine - Estados Unidos
8	Crandall, Keith A.	Hombre	GEORGE WASHINGTON UNIV - Estados Unidos The George Washington University - Estados Unidos

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Origen de Citas Identificadas

Muestra la distribución de países cuyos autores citan a la publicación consultada.

Citas identificadas: Las citas provienen de documentos incluidos en la base de datos de DATACIENCIA

Citas Identificadas: 10.26 %
Citas No-identificadas: 89.74 %

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Citas identificadas: Las citas provienen de documentos incluidos en la base de datos de DATACIENCIA

Citas Identificadas: 10.26 %
Citas No-identificadas: 89.74 %

Financiamiento

Fuente
Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica
National Heart, Lung, and Blood Institute
National Institute on Minority Health and Health Disparities
K12 Career Development Program
GW's Computational Biology Institute
CONICYT + PAI/CONCURSO NACIONAL APOYO AL RETORNO DE INVESTIGADORES/AS DESDE EL EXTRANJERO, CONVOCATORIA + FOLIO

Muestra la fuente de financiamiento declarada en la publicación.

Agradecimientos

Agradecimiento
ECN would like to thank GW's Computational Biology Institute for funding and GW's Colonial One High-Performance Computing facility for facilitating infrastructure for analyses. ECN was funded by "CONICYT + PAI/CONCURSO NACIONAL APOYO AL RETORNO DE INVESTIGADORES/AS DESDE EL EXTRANJERO, CONVOCATORIA 2014 + FOLIO 82140008". MP-L was funded by a K12 Career Development Program 5 K12 HL119994 award.
ECN would like to thank GW’s Computational Biology Institute for funding and GW’s Colonial One High-Performance Computing facility for facilitating infrastructure for analyses. ECN was funded by "CONICYT + PAI/CONCURSO NACIONAL APOYO AL RETORNO DE INVESTIGADORES/AS DESDE EL EXTRANJERO, CONVOCATORIA 2014 + FOLIO 82140008". MP-L was funded by a K12 Career Development Program 5 K12 HL119994 award.

Agradecimiento

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ECN would like to thank GW’s Computational Biology Institute for funding and GW’s Colonial One High-Performance Computing facility for facilitating infrastructure for analyses. ECN was funded by "CONICYT + PAI/CONCURSO NACIONAL APOYO AL RETORNO DE INVESTIGADORES/AS DESDE EL EXTRANJERO, CONVOCATORIA 2014 + FOLIO 82140008". MP-L was funded by a K12 Career Development Program 5 K12 HL119994 award.